2008年，在长干寺地宫的考古发掘过程中，装有佛顶真骨的阿育王塔的出土。

佛顶骨，梵音“乌率腻纱”，指佛头顶自然成髻的涌起部分，又称无见顶相，为佛三十二相之一。《洛阳伽蓝记》、《续高僧传》、《法苑珠林》俱有记载。

按照瘗藏佛顶真骨的铁函外石碑上《金陵长干寺真身塔藏舍利石函记》的说法，当时长干寺讲解经律的演化可政大师，由于旧寺废于兵火，奏请恢复塔寺，于是建造了高二百尺、八角九层的砖塔和部分寺宇，并将“感应舍利十颗、并佛顶真骨、洎诸圣舍利，内用金棺，周以银椁，并七宝造成阿育王塔”，再外加铁箧石函安置。在《江南通志》、《景定建康志》以及李之仪《姑溪居士全集》、周必大《文忠集》中都记载了这一件事，整体的意思是说：吴赤乌间康僧会致舍利使吴大帝建寺及塔，晋太元九年刘萨诃于越王城望气得舍利而建长干寺，这里旧藏有释迦舍利真身。梁武帝时候曾经发掘塔下的舍利及发、爪，发青绀色，帝命复修塔埋。梁、陈时长干寺废败，南唐时候这里变成散从官营，到处是民房，污泥粪便满地，一点儿寺庙样子没有。由于舍利多次感应，大地发出神光，当时的可政和尚感应到了舍利并进献官府，于是宋真宗下诏在显现感应舍利的地方建塔，赐号“圣感舍利宝塔”，并恢复寺庙。元符二年改为十方丛林。之后天禧二年改称天禧寺。

从此，兴复后的长干寺还数易其名，元至元二十五年诏改天禧寺为“元兴慈恩旌忠教寺”，后来又毁于兵燹。明洪武末年重建，仍名曰天禧寺。明永乐六年寺塔全毁于火，永乐十年朱棣敕工部于原址重建。至明宣宗时，时任南京守备的郑和终于提督竣工。

长干寺地宫出土的文物中，包括了大量北宋时期的香料、香具，成为宋代作为香文化发展巅峰的有力佐证。

以下图片为长干寺地宫出土的北宋银鎏金莲花宝子香炉等香具、香料和香品